Kabuto a exactement seize ans et trois mois. Il fait particulièrement mature pour son âge, que ce soit physiquement ou psychologiquement parlant. Ses cheveux sont gris pur et clair, et sont attachés à l'arrière par une queue de cheval. Ils retombent sur son front à l'avant sous la forme de deux mèches grises, entre lesquelles on aperçoit son bandeau ninja. Celui-ci est gravé du signe du village de Konoha, la symbolique feuille, élément du Tout-Arbre du pays du Feu.
Son visage est assez fin, et le jeune homme n'est pas laid. Sa peau n'est en rien pâle, à la semblable de celui de son maître, et est d'ailleurs plutôt halée. Ses yeux sont cachés derrière deux écrans de verre. Les lunettes qu'il prend apparemment beaucoup de plaisir - ou a juste pris le réflexe - à remonter sont rondes et simples. Derrière, deux pupilles noires observent, avec des yeux d'espion, affirmant une observation sans failles.
Sa silhouette est, comme son visage ne laisse penser, assez élancée : il mesure un mètre soixante seize, et pèse soixante kilos, ce qui est tout de même assez léger pour ses - nous l'avons dit - seize ans.
Il porte une veste ninja d'un violet sombre, sans manches : ses bras sont recouverts d'un tissu blanc sur la première partie, dénudés au niveau du coude, puis de nouveaux parés de ce protège bras indigo sur tout le reste.
Au niveau du bassin, des bandages blanc cassés sont enroulés en spirale. En dessous, un souple pantalon ninja de la même couleur que le haut de ses vêtements le recouvre. Oui, l'espion a en faite une apparence quelque peu remarquable ; à moins que ces teintes soient anodines dans le monde des shinobis.

Kabuto est un personnage assez mystérieux qui ne dévoile que très rarement sa manière de penser et ses idées par rapport à l'enchaînement des événements. Il est de toute évidence absolument attaché à Orochimaru, qu'il vénère comme un Dieu, ou plus. Cela est sûrement lié au fait que Orochimaru l'a entraîné dès la mort du chef de la patrouille de médicale de Konoha qui avait pris pour l'adolescent un rôle de père.
Malgré son attachement et sa vénération envers Orochimaru, Kabuto se comporte souvent de manière autonome, ce qui ne fait qu'augmenter l'épaisseur de son caractère mystérieux. Il semble doté d'une réelle volonté insondable, mais toujours fidèle "au maître", exécutant consciencieusement ses ordres, mais on voit cependant que ce dernier a des difficultés à cerner pleinement sa personnalité.
Kabuto a une manière de pensée qu'on devine plutôt primaire, animale, en fait. Kabuto se considère comme un éclaireur, celui que l'on sacrifie au sein d'une meute. Oui, Orochimaru est le mâle alpha, le loup prédominant, et lui, il est le sous-fifre qui subit les conséquences, quelles qu'elles soient. Ainsi, la meute passant avant tout, il protège d'abord les intérêts de maître Orochimaru. Mais pense aussi à sa paume. En effet, tout comme son maître il estime que Kiri est leur réel ennemi, et qu'aider les ninjas de Konoha à éliminer le plus grand nombre possible de leurs membres leur serait favorable. Il veut détenir encore le pouvoir d'avoir sa propre conscience, tout en la protégeant de tout en restant aux côtés du légendaire Sannin.

La personnalité de Kabuto est difficile à cerner. En effet, il peut se montrer honnête et courtois comme il peut faire preuve d'un certain sadisme. Il sait être serviable et avoir de l'humour, même si ce dernier est dans son cas assez sombre. Il aime jouer avec l'esprit de ses ennemis, en les poussant à bout, révélant leurs faiblesse profondes pour les utiliser ensuite. Il ne tolère pas le manque de respect que montrent certains ninjas pour Orochimaru. Même le Sannin a du mal à percer à jour les pensées et les intentions de Kabuto, du moins celles qui ne concernent pas la fidélité à toute épreuve qu'il prouve. Cependant, malgré les doutes qu'à le ninja légendaire à propos de son bras droit, et à ses éventuelles idées de révolte ou de prise de pouvoir, Orochimaru semblait compter sur Kabuto et juger dérisoire l'idée qu'il n'obéisse pas à ses ordres.
Plus Kabuto passe de temps à servir Orochimaru, plus on devine cette croissante envie de surpasser son maître, ainsi que de percer à jour le secret de la mort et des techniques qui pourraient la défier.

Ses intentions pour le futur restant floues, Kabuto semblait pourtant satisfait de rester le subordonné d'Orochimaru, ayant pu durant cette période approfondir ses connaissances sur l'anatomie et l'expérimentation.

Kabuto combat sans trop demander d'effort à ses muscles et à ses capacités physiques. Même s'il semble souple et apte à attaquer rapidement, en effet, il préfère rester sur la défensive et tester longuement son adversaire. Se faire moins puissant qu'il ne l'est, et au dernier moment, frapper une première et dernière fois.
Il maîtrise, grâce à l'équipe de médecins de Konoha qui le recueillit il y a seize ans de cela, le ninjustu médical et toutes les facettes des techniques nécromanciennes et anatomiques. À l'aide de son scalpel de chakra qui semble être son arme préférée, il frappe plutôt en souplesse et attend patiemment l'ennemi pour le cueillir sans peine. Ses nombreuses techniques de soin lui permettent de se régénérer très rapidement, et quand bien même on arrivait à le blesser, ce serait au prix de quelques muscles et tendons incisés. C'est également la grande force de ce ninja un peu spécial qu'est Kabuto Yakushi.

Le jeune Yakushi se révèle également être maintenant un de ceux qui maîtrisent les techniques d'invocation. Il utilise beaucoup de serpents pour combattre à sa place ou tout simplement le défendre. Tout cela pousse à croire que Kabuto n'a pas une force physique exceptionnelle, et explique l'importance des techniques de régénération cellulaire qu'il possède.

Bien que le corps à corps ne soit pas sa spécialité, Kabuto est capable de tenir tête à un spécialiste du Taïjutsu (comme Tsunade). Son style de combat repose essentiellement sur ses connaissances médicales. En effet, sa familiarité avec l'anatomie lui permet de frapper au bon endroit. Il transporte des rouleaux lui permettant d'invoquer des cadavres qu'il a préalablement préparés.