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Les dernières traces de la guerre maintenant disparues, un nouveau jour se lève sur le monde Shinobi. De nouveaux, les villages semblent prêt à coexister.

Malheureusement, les premiers signes annonciateurs d'une nouvelle ère de violence apparaissent. À Konoha, la Racine signe son terrifiant retour, plus extrémiste que jamais, en commettant un attentat contre le bâtiment du Hokage. Comme si cela ne suffisait pas, une catastrophe naturelle mit fin à l'examen Chuunin de manière imprévue. Les shinobis demeurent dans l'impatience de savoir ce qui déroulera de ces signes de mauvaise augure, mais une chose est certaine : La paix ne peut espérer sortir indemne de ce futur proche.

En dehors de tout cela, dans l'ombre, certains n'ont pas oubliés les feux de la guerre, leurs instincts primaires en demandent davantage. Des rumeurs laissent sous-entendre que la paix naissante ne serait due qu'à un groupuscule, la traque allait bientôt être menée.